在漫威616宇宙的东京上空，一道银色流光撕裂云层，早田进的意识在剧烈震荡中与来自M78星云的巨人融合。当初代奥特曼的身影首次屹立于城市废墟之上，他尚未知晓，这场跨越星系的邂逅，将彻底改写地球与漫威宇宙的命运轨迹。
神盾局的天空母舰在关东平原上空悬停，尼克·弗瑞透过观测窗凝视着那道闪耀的巨人身影。初代奥特曼刚以「斯派修姆光线」击溃从东京湾登陆的哥莫拉，能量残余在地表烙下直径百米的琉璃状熔坑。「菲尔，通知复仇者，我们遇到了比齐塔瑞人更棘手的『外星人』。」弗瑞的话音未落，监测屏上突然爆发出刺眼的能量峰值——奥特曼腰间的贝塔魔棒，竟与神盾局秘密研究的宇宙魔方产生了共振。
早田进在神盾局医疗舱中苏醒时，初代奥特曼的意识碎片在他脑海中低语。这位来自M78星云的巡察官，因追击逃亡至地球的宇宙怪兽百慕拉而被迫与人类融合。「宇宙警备队的档案显示，」初代的声音带着金属质感，「那个蓝色立方体蕴含着足以扭曲时空的能量，它的波动正在吸引更危险的存在。」
与此同时，在曼哈顿的复仇者大厦，钢铁侠托尼·斯塔克正用反浩克装甲的传感器分析东京的能量数据。「贾维斯，比对所有已知外星科技，这股能量 signatures 像是... 活的恒星核心？」他的话音被突然闯入的美国队长打断：「托尼，弗瑞来电，说我们有了新盟友，或者新麻烦。」
当早田进在神盾局的安排下与复仇者会面时，气氛瞬间凝固。绿巨人布鲁斯·班纳的伽马能量与奥特曼的光之力产生微妙排斥，而雷神托尔则感知到贝塔魔棒中流淌着与阿斯加德相似的宇宙本源能量。「你来自何方，巨人？」托尔的雷霆之锤在掌心嗡鸣，「你的力量让我想起被放逐的黑暗精灵。」
初代奥特曼的意识借由早田之口回应：「我是M78星云的奥特曼，此行只为清除宇宙威胁。但地球的『宇宙魔方』正在发出错误信号，它吸引的不仅是怪兽，还有更古老的邪恶。」他的警告在三天后应验——南极冰层下的宇宙魔方突然失控，将空间撕裂出一道裂隙，行星吞噬者的先锋生物「银影侠」从中浮现。
银影侠的冲浪板在平流层划出银色轨迹，他的能量探测仪锁定了宇宙魔方的位置。「生命星球的能量... 足以让主人饱餐一顿。」他的低语被初代奥特曼的「奥特水流」打断，蓝色的能量洪流在南极冰原形成屏障。「地球是我的守护对象，不容许任何人觊觎。」奥特曼的声音在冰原回荡，惊动了赶来的复仇者们。
钢铁侠的反物质炮与奥特曼的斯派修姆光线同时击中银影侠，却被他体表的宇宙能量场反弹。「愚蠢的生物，你们的力量在行星吞噬者面前如同萤火。」银影侠挥动手臂，一道暗能量波将美国队长的振金盾牌击出裂痕。关键时刻，雷神的喵喵锤裹挟着雷霆砸向银影侠，却被他瞬间转移至月球轨道。
「这样下去不是办法，」初代奥特曼的意识在早田脑中分析，「他的力量源于宇宙本源，需要更针对性的战术。」早田突然想起神盾局档案中的「超立方体研究报告」——宇宙魔方与M78星云的「等离子火花塔」同属创世能量源。「如果用贝塔魔棒增幅魔方能量...」
在初代的指导下，复仇者与神盾局展开协同作战。黑寡妇和鹰眼负责疏散南极科考站人员，绿巨人则用蛮力牵制银影侠。钢铁侠将反浩克装甲改造成能量导管，美国队长与雷神用各自的武器构建能量引导矩阵。当早田举起贝塔魔棒对准宇宙魔方时，三道能量束在南极上空交汇——奥特曼的光之力、魔方的空间能量、复仇者的生物电能，融合成一道撕裂云层的金色光柱。
银影侠在能量冲击中体表的宇宙能量开始紊乱，他的冲浪板出现裂纹。「这不可能... 如此纯粹的创世能量...」他的身影在光芒中逐渐淡化，临走前留下警告：「行星吞噬者会亲自降临，你们的星球将化为宇宙尘埃。」
危机暂解，但更大的阴影正在逼近。神盾局的深空监测站发现，银影侠撤退的方向指向了漫威宇宙的「湮灭领域」，而那里，早田脑中的初代记忆浮现出一个熟悉的名字——贝利亚奥特曼。这位被光之国放逐的黑暗战士，其基因碎片竟在多年前随陨石坠落地球，被潜伏的九头蛇组织秘密收集。
在新泽西的九头蛇地下基地，科学家们正用贝利亚的基因片段培育变异体。「长官，样本V-76已展现出奥特曼的部分特征，」研究员对着监控屏报告，「但伴随严重的细胞黑化现象。」屏幕另一端，穿着九头蛇制服的红骷髅露出狞笑：「很好，让『黑暗奥特曼』成为我们对抗复仇者和那个巨人的武器。」
与此同时，早田进在神盾局的模拟训练室中与初代奥特曼进行意识同步训练。「贝利亚的黑暗能量具有极强的感染性，」初代的声音带着警惕，「如果被人类掌握，后果不堪设想。」突然，训练室的警报响起——九头蛇利用贝利亚基因制造的变异体「暗黑初代」已突破纽约防线，正在曼哈顿下城大肆破坏。
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复仇者与奥特曼赶到时，暗黑初代正用黑色版的「斯派修姆光线」摧毁斯塔克大厦的能量核心。他的皮肤呈现暗灰色，双眼燃烧着猩红火焰，每一次挥拳都引发小规模的空间塌陷。「这是... 我的力量被扭曲后的形态。」初代的意识在早田脑中震颤，「他的能量核心是贝利亚的基因碎片，必须在其完全黑化前摧毁。」
钢铁侠的纳米机器人试图分析暗黑初代的能量结构，却被其体表的黑暗能量场分解。美国队长的盾牌击中其胸口，却被反弹回来震伤手臂。绿巨人的蛮力攻击只能暂时延缓其行动，却无法造成实质伤害。「这样下去，整个曼哈顿都会被他的黑暗能量吞噬，」初代对早田说，「我们需要启动『光之国应急协议』。」
早田点点头，从神盾局的特殊容器中取出三枚奥特徽章——那是初代、赛文、杰克的力量结晶。当他将徽章插入贝塔魔棒时，三道光柱冲天而起，初代奥特曼的形态发生异变，银色的身躯覆盖上红蓝相间的装甲，额头浮现出金色的计时器纹路——「奥特融合形态」首次在漫威宇宙展现。
暗黑初代发出咆哮，挥出蕴含黑暗能量的爪击。奥特融合形态侧身躲过，同时施展出「集束射线」，金色的光线与黑色的能量在时代广场上空碰撞。「他的力量在快速进化，」初代分析，「贝利亚的基因正在吸收地球的负面情绪。」
关键时刻，神盾局的「天空母舰二号」赶到，弗瑞下令启动舰首的「宇宙魔方增幅炮」。当光束击中暗黑初代时，异变突生——