魔仙升级试风波过后，美琪、美雪与莉莉在人间继续着平凡又充满魔法惊喜的生活。清晨帮迷路的小狗找到主人时用魔法清理它身上的泥泞，傍晚用治愈魔法让社区里枯萎的花朵重新绽放，这些日常的魔法善举，让她们逐渐成为了邻里间神秘又温暖的存在。
而在魔仙堡，经过一年的学习，小月褪去了曾经的阴霾，淡紫色的魔法裙摆随着她轻盈的步伐飘动。绿魔仙的药园里，她正小心翼翼地为新培育的疗伤仙草浇水，指尖溢出的柔和光芒让叶片上的露珠都泛起彩虹色。“小月，王室宴会厅需要布置，你愿意一起去帮忙吗？”小蓝的声音从身后传来，带着试探的温柔。小月回头露出微笑，这笑容不再夹杂算计与偏执，“当然愿意，我新学了空间装饰魔法，正好试试效果。”
魔仙女王坐在王座上，看着水晶球里其乐融融的场景，眼角满是欣慰。但占星魔仙的突然闯入打破了这份宁静，老人手中的星盘裂痕中渗出黑色雾气，“陛下！星象显示，南方海域出现异常魔法波动，与当年黑暗之神残留的气息......有些相似。”女王的脸色瞬间凝重，她立刻传召游乐与小蓝，“你们即刻前往人间，带美琪、美雪和莉莉回来。魔仙堡需要全员戒备。”
当小蓝和游乐出现在凌家时，美琪正举着魔仙棒帮美雪修理被风吹歪的风筝。“这么着急叫我们回去，难道又有黑魔仙捣乱？”美琪眨着眼睛问道。游乐冷哼一声，“比黑魔仙麻烦多了，说不定是古娜拉的余孽。”这话让房间瞬间安静下来，莉莉握紧了手中的实习魔仙徽章。
回到魔仙堡，占星塔已经被魔法结界层层包围。美琪等人看着星盘上扭曲的黑色纹路，不禁想起当初与黑暗之神决战时的惨烈。“根据星象推演，那股力量正在吸收海洋生物的负面情绪壮大自己。”占星魔仙指着星盘上不断扩散的黑雾，“如果放任不管，一周后就会冲破海面，危及整个魔法世界。”
女王将众人召集到议事厅，光洁的魔法沙盘上，南方海域正翻涌着暗紫色的能量漩涡。“小蓝、游乐，你们带领先遣队探查情况；美琪、美雪和莉莉负责守护魔仙堡结界，同时学习古老的净化魔法。”女王看向小月，“你和绿魔仙准备疗伤药剂，这次战斗，必然会有魔仙受伤。”
先遣队抵达海域时，原本湛蓝的海水已变成诡异的墨色。巨大的章鱼状黑影在水下穿梭，触手每一次摆动都掀起带着黑色泡沫的巨浪。“小心！那是被黑暗力量控制的深海魔章！”小蓝话音未落，数十条触手突然破水而出，缠绕向众人。游乐的魔法剑划出银色光弧，将触手斩断，但断口处立刻涌出黑色黏液，重新生长。
与此同时，魔仙堡的魔法课堂上，美雪盯着古老典籍上的净化咒语法阵，眉头紧锁。“这个阵法需要我们三人的魔法完全同步，稍有偏差就会反噬。”莉莉咬着嘴唇，尝试将黑魔法基础中的能量控制技巧融入，“或许我们可以这样......”在不断的尝试与失败中，三人的魔法配合越来越默契，终于在第三天成功激活了阵法，金色的净化光芒照亮了整个练习场。
海底战场的局势却愈发严峻。深海魔章的身体开始分裂，化作数百只小型魔怪。小蓝的魔法护盾在密集的攻击下摇摇欲坠，游乐的魔法剑也出现了裂痕。“这样下去不是办法！”游乐大喊，“必须找到它的核心！”他冒险冲进魔怪群，凭借敏锐的直觉，发现深海魔章的眼睛深处闪烁着暗红色光芒——那是黑暗力量的核心所在。
当游乐拼尽全力刺向核心时，一道黑色光束突然从海底深处射出，将他击飞。小蓝不顾一切地冲过去接住他，两人重重摔在珊瑚礁上。“不行，我们需要支援！”小蓝掏出能量盒，向魔仙堡发出紧急信号。
魔仙堡内，美琪、美雪和莉莉感受到信号的瞬间，立刻启动传送魔法。当她们出现在战场时，眼前的景象让人心惊。三人对视一眼，同时举起魔仙棒：“巴拉拉能量——净化之光！”金色光芒与小蓝、游乐的魔法汇聚，形成巨大的光柱射向深海魔章。在光芒的灼烧下，魔怪发出凄厉的惨叫，身体开始瓦解。
然而，就在众人以为胜利在望时，海底深处传来低沉的笑声。一个半透明的黑色人影缓缓浮现，他的面容与古娜拉有几分相似，却更加虚幻缥缈。“愚蠢的魔仙们，我乃古娜拉的执念所化，只要世间还有黑暗，我就不会消亡！”黑影张开双臂，周围的海水瞬间沸腾，“这一次，我要让整个魔法世界陪葬！”
新一轮的危机，就这样毫无预兆地降临在魔仙堡与所有魔仙面前，而这场战斗的胜负，将决定魔法世界的最终命运......