星坠岛结盟后的魔法海洋迎来了短暂的和平，海萤堡的魔法灯塔每晚都准时亮起，与星坠岛的星辉交相辉映。然而，这份宁静在一个寻常的清晨被打破——魔法海洋西部的珍珠湾突然传来紧急求救信号，那里的渔民们发现，整片海域被密密麻麻的巨型水母占领，这些水母不仅阻断了正常的海洋交通，还释放出带有腐蚀性的黏液，许多珊瑚礁和渔船都遭到了严重破坏。
海昕、希雅、夏凡和海达王子立即乘坐高速魔法潜艇前往珍珠湾。还未抵达，他们便看到了令人震惊的景象：海面上漂浮着数以万计的巨型水母，它们的伞状体足有圆桌大小，半透明的身体泛着诡异的紫绿色光芒，长长的触须在水中肆意摆动，所到之处，海水泛起阵阵白沫。更可怕的是，这些水母似乎受到某种力量驱使，正有规律地向珍珠湾深处聚集。
“这些水母的生物特征完全异常。”夏凡通过潜艇的分析仪器皱眉说道，“它们的基因链中掺杂了深渊符文的片段，而且……检测到人类生物技术改造的痕迹。这是深渊力量与人类科技结合的产物！”希雅举起月光棱镜，光芒却被水母群折射成混乱的光斑：“它们形成了一个巨大的能量屏障，普通魔法攻击很难奏效。”
海昕尝试用魔法鱼笛与水母沟通，悠扬的乐声却只换来水母群更加剧烈的躁动。几只体型格外庞大的水母突然喷射出高压黏液，潜艇的防护罩在腐蚀下发出刺耳的警报声。海达王子当机立断：“不能在这里僵持！我们必须潜入海底，寻找这些水母的控制源头。”
潜艇在布满黏液的海水中艰难下潜，珍珠湾的海底早已失去往日的生机。原本色彩斑斓的珊瑚礁变成了灰白色，上面覆盖着一层黏腻的物质，许多海洋生物的尸体漂浮在礁石间。夏凡的探测器突然发出尖锐的鸣叫：“前方发现海底实验室！所有异常能量波动都来自那里！”
一座由钢铁与透明玻璃构成的巨型建筑出现在众人眼前，实验室的外墙爬满了深渊藤蔓，玻璃内部闪烁着诡异的幽蓝光芒。海昕等人小心翼翼地靠近，透过玻璃看到了令人毛骨悚然的场景：实验室里摆满了培养舱，舱内漂浮着尚未成型的水母幼体，它们的身体上布满细密的符文，机械臂正在为它们注入黑色液体。在实验室中央的控制台前，一个戴着防毒面具、身穿白大褂的身影正疯狂地操作着仪器。
“果然是人类与深渊余党的勾结！”希雅愤怒地说。海达王子挥动王剑，试图劈开实验室的防护罩，却被反弹回来。夏凡仔细观察控制台的能量线路：“这个防护罩和水母群的能量屏障是联动的，我们必须先切断它们之间的联系。”他迅速启动潜艇的黑客程序，入侵实验室的控制系统。
就在此时，实验室里的神秘人发现了他们。他按下一个红色按钮，实验室的墙壁突然打开，无数小型机械水母蜂拥而出。这些机械水母体型虽小，却能发射麻痹性电流，潜艇的系统瞬间陷入瘫痪。海昕指挥金飞鱼群组成盾牌抵挡攻击，希雅用月光之力形成光刃切割机械水母，海达王子和希雪女王则联手用魔法清除靠近的巨型水母。
夏凡在混乱中终于破解了防护罩的密码，魔仙们成功进入实验室。神秘人转过身，露出一张被机械义肢覆盖半边的脸：“魔仙们，你们来得正好！这些变异水母是我献给深渊的礼物，它们将吞噬整个魔法海洋的生机！”原来，他曾是人类世界的疯狂科学家，在与深渊余党勾结后，妄图通过改造海洋生物实现对魔法海洋的统治。
科学家启动了实验室的自毁程序，培养舱中的水母幼体开始不受控制地疯狂生长。海昕等人一边躲避巨型水母的攻击，一边寻找关闭控制中枢的方法。夏凡发现控制水母群的核心装置藏在实验室的地下层，那里连接着一个巨大的能量反应堆，源源不断地为水母提供邪恶能量。
众人突破重重阻碍来到地下层，却发现核心装置被一个由深渊符文构成的黑色球体保护着。科学家狞笑着说：“放弃吧！这个球体吸收了所有水母的力量，你们根本无法摧毁它！”海昕想起在星坠岛时激活星辰祭坛的经历，大声说道：“我们可以汇聚魔法海洋的力量！”
希雅、夏凡、海达王子和希雪女王立刻响应，他们分别调动月光之力、声波共振、王室守护魔法和冰霜能量。海昕将鱼笛与千贝之星相连，吹奏出古老的海洋赞歌，召唤来珍珠湾附近的海洋生物。无数小鱼、海豚和海龟汇聚而来，它们的光芒与魔仙们的力量融合，形成一道璀璨的光柱，射向黑色球体。
在净化光芒的冲击下，黑色球体开始出现裂痕，科学家的疯狂实验装置也随之崩塌。失去控制的巨型水母群逐渐失去光芒，瘫软在海面上。随着最后一声轰鸣，海底实验室彻底爆炸，科学家在能量反噬中消失。
珍珠湾的危机终于解除，海萤堡的魔法师们用魔法净化了被污染的海水，珊瑚礁也在千贝之星的力量下开始重新生长。为了防止类似事件再次发生，夏凡在珍珠湾安装了智能监测系统，一旦检测到异常能量波动便会自动报警。而那些恢复正常的水母，在海洋生物的引导下，回到了它们原本的栖息地。
这次事件让魔仙们更加警惕人类与深渊势力的勾结。他们明白，守护魔法海洋的战斗远未结束，唯有不断强大自身，团结一切可以团结的力量，才能守护这片蓝色家园的安宁与美丽。